Y siguieron los campeonatos. En la temporada 1980-81, los Pumas consiguieron su segundo campeonato de liga en la Primera División al derrotar al Cruz Azul por un marcador global de 4 a 2 (0-1 en el Estadio Azteca y 4-1 en Ciudad Universitaria con goles de Hugo Sánchez, Ricardo Tuca Ferretti, Manuel Manzo y Enrique López Zarza). Al concluir el torneo, Hugo Sánchez se marchó al Atlético de Madrid, con el que comenzó a forjar su leyenda.

En el transcurso de la campaña, el equipo obtuvo el título de la Confederación Norte, Centroamericana y del Caribe de Futbol (CONCACAF, en la actualidad simplemente denominada Confederación de Futbol) frente a la Universidad de Honduras y, posteriormente, la Copa Interamericana, tras superar al cuadro uruguayo del Nacional de Montevideo en tres cerrados partidos.

En la temporada 1989-90 los Pumas fueron subcampeones interamericanos al perder en Medellín, Colombia, y en la Ciudad Universitaria con el Atlético Nacional de Medellín por 2-0 y 4-1, respectivamente.

A pesar del trago amargo que significó una eliminación en las semifinales del torneo 1989-90, los pupilos de Miguel Mejía Barón -Director Técnico de la UNAM desde la temporada 1988-89- ya mostraban un enorme potencial, que se confirmó al conseguir el título al año siguiente. Como dato curioso, Jorge Campos fue el máximo realizador universitario al anotar 14 goles.